موزه ملی کاشان که در قسمت غربی باغ فین کاشان قرار گرفته، یکی از برترین موزههای شهر کاشان است. تنوع اشیاء نگهداری شده در این موزه به قدری بالاست که شما میتوانید بیش از 400 اثر تاریخی از 7000 سال قبل از میلاد تا دوره معاصر را در این موزه مشاهده کنید. موزه ملی کاشان روی مخروبههای بنایی به نام خلوت نظام الدوله بنا شده، این خلوتگاه در سال 1242 هجری قمری توسط علیمحمد خان صدر اصفهانی، داماد فتحعلی شاه قاجار و حاکم کاشان ساخته شده است، اما به دلیل نگهداری نادرست و شرایط نابسامان آن دوران این ساختمان به یک خرابهی متروکه تبدیل شد؛ تا این که در سال 1337 جمعی از افراد بزرگ و سرشناس کاشان و نطنز انجمن حفاظت از آثار تاریخی کاشان را تشکیل دادند و تصمیم گرفتند که در مجموعه تاریخی فین یک موزه برای معرفی فرهنگ و پیشینه غنی مردم کاشان احدث کنند.